クリックケミストリー反応により、in vivo とin vitroで時空間的にRNA転写全体をシンプルな2ステップで検出

RNA転写検出用修飾ヌクレオチド（新生RNAに取り込まれます）

5-ethynyl-uridine（EU）

特長

• 迅速、簡便な操作で高感度に検出できます。
  
• Total RNAの平均35ウリジン残基ごとに１個取り込みます。
  
• 標識パルス時間の長さを変えて、バルクのRNAのターンオーバーをイメージングで調べられます。
  
• ホールマウント（whole-mount）でも切片でも転写活性全体が高いかどうかをイメージングで検出できます。
  
  

2ステップ検出

1. アルキンを含むEUを与えると、転写部位のRNAに取り込まれます。


2. アジド修飾色素かハプテンとEUとクリック反応させて標識します（下図）。

U-2 OS細胞におけるRNA合成のClick-iT® に基づく検出データ

1 mM 5-ethynyl uridine（EU；カタログ番号E10345）またはDMSOコントロールでU-2 OS細胞を1時間処理。 その後、細胞を固定し透過処理し、新しく合成されたRNAに取り込まれたEUを、緑色蛍光のAlexa Fluor® 488 azide（カタログ番号A10266）を用いて、 Click-iT® Cell Reaction Buffer Kit（カタログ番号C10269）にて検出。 マウス抗チューブリン抗体でチューブリンを標識し、Alexa Fluor® 594ヤギ抗マウスIgG抗体で可視化した。核は青色蛍光のHoechst 33342で染色。

参考文献

• Exploring RNA transcription and turnover in vivo by using click chemistry
  Cindy Y. Jao and Adrian Salic
  PNAS, Oct 2008; 105: 15779 - 15784.

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