Vector NTI Advance™ ver. 11

特長

• グラフィカルなユーザーインターフェース。
• 1つのパッケージにまとめているため、各種の機能をシームレスに利用できます。
• Gateway® クローニング、TOPO® クローニングに対応しています。

基本機能

• GenBank形式のデータを取り込んだだけで、コード領域などのFeature情報も同時に取り込みます。（図1）
• アミノ酸の場合も、Swiss-Prot形式のデータを取り込んだだけで、ドメインなどのFeature情報も同時に取り込みます。（図2）
• グラフィック、配列データを問わず、Microsoft Word や PowerPoint® にコピーすることができます。
• 制限酵素切断部位、ORF予測部位などをグラフィック上に表示します。
• PCRプライマーの設計および解析を行うことができます。
• クローン/ベクターの設計、電気泳動パターンのシミュレーションが可能です。
• Gateway®（図3）または TOPO® クローニングを用いたクローンの設計も行えます。
• DNAからアミノ酸への翻訳時に6フレームを同時に行えます。
• アミノ酸からDNAへの逆翻訳時に目的の生物種のコドン使用頻度表を利用でき ます。

マルチプルアラインメント（Align X® モジュール、図4）

• ClustalW アルゴリズムを用いています。
• NJ法を用いたガイドツリーを同時に表示します。
• アラインメント情報を Microsoft® Word や PowerPoint® 等にコピーすることができます。
• タンパク質の二次構造予測、疎水性領域なども同時にグラフ表示できます。
• アラインメントフレーム内でドメイン情報等のFeatureも表示できます。

フラグメントのアッセンブル（ContigExpress® モジュール、図5）

• 各社のシークエンサーより得られた波形データを取り込むことができます。
• 波形データとアッセンブルデータが同時に表示されるため、編集が容易に行えます。
• アッセンブル時に相補配列のシークエンスデータかどうかも自動認識します。
• アッセンブルの前に、ベクター配列ならびに 5'-/3'-末端の信頼性の低い配列をトリミングします。
• Phredクオリティ値を用いたトリミングも可能です。
• 翻訳した場合のアミノ酸配列も表示できます。

タンパク質の解析（BioAnnotator™ モジュール）

• タンパク質の二次構造予測、疎水性領域などをグラフ表示します。
• ローカルディスクに保存したPROSITEやPFAMを用いたモチーフ検索を実行できます。

立体構造の表示（3D Viewer、図6）

• PDBより取得した立体構造ファイルを表示させることができます。
• アミノ酸の生化学的特性による色分け、α-ヘリックスのリボン表示など、様々なスタイルで表示できます。
• 原子間距離などの算出ができます。

ゲノム解析（GenomBench® モジュール）

• UCSC等の DASサーバーよりゲノム情報を取得・表示することができます。
• DAS（Distributed Annotation System）サーバーに登録されている mRNA、EST、RefSeq、 SNPs 等の情報を表示できます。
• DASサーバーに対して BLAT検索を行うことにより、目的の配列の染色体上の位置を確認してからダウンロードすることができます。
• 目的の配列・付加情報のローカルハードディスクへの保存が可能です。
• ローカルハードディスクへ保存後は、情報の追加・修正を行うことができます。

公共データベースへのアクセス

• 配列データを世界中の検索サイトに転送することができます。
• BLAST検索は専用画面を用いることで視認性を向上させています。（図7）
• ローカルデータベースへBLAST検索結果を保存することができます。
• PubMed文献検索も専用画面を用意しています。
• ローカルデータベースへPubMed検索結果を保存することができます。各論文の Reference 記載方法に沿ったフォーマットで書き出すこともできます。
• インビトロジェンのクローン検索サイトへもリンクしています。

Clone2Seq™（図8）

• 迅速なクローニング用。シンプルになったワークフローとインターフェース。
• 2つのプラグメントの制限酵素・ライゲーションクローニングをグラフィックなマップ表示で簡便に行えます。

VectorSelector™（図9）

• クローニングと発現に適切なベクターを迅速に見つけることができます。
• 次の項目によってベクターを検索します。
  …制限酵素切断部位
  …薬剤耐性マーカー
  …プロモーター
  …オリゴまたはペプチド配列
  …ゲートウェイatt組み換え部位　など

ReGENerator™（図10）

• より迅速にクローンを作り、お望みの変異を全て作ります。
• タンパク質発現と変異研究のために望むDNA塩基配列を正確に構築していただけます。
  …WTまたは変異させられたタンパク質シークエンスからスタート
  …最も良くお客様の実験の発現システムを反映するコドン使用頻度テーブルを選択
  …制限酵素部位のような必要な隣接DNA塩基配列を加えます。